Harvey Pekar está considerado como uno de los autores (escritor, crítico, guionista) más importantes del cómic underground americano. Como guionista trabajó con autores de la talla de Robert Crumb o Richard Corben. Sus obras American Splendor y Our Cancer Year fueron galardonadas con los premios American Book y Harvey, respectivamente. Su vida fue llevada al cine en el filme American Splendor, que fue un éxito de crítica y recibió premios en los festivales de Sundance y Cannes.
Afincado durante toda su vida en la ciudad de Cleveland (Ohio), Harvey Pekar terminó sus estudios en el instituto y se dedicó a una de sus pasiones: crítico de música jazz. En una de estas tiendas de discos antiguos fue donde conoció al llamado "padre del cómic underground", Robert Crumb, un joven que vendía postalitas ilustradas por él mismo y que se hizo amigo suyo. Al cabo de un tiempo sin verse, durante el cual Pekar acabó trabajando como celador en el hospital, volvió a encontrarse con Crumb quien era ya una figura del cómic alternativo. La revista The People`s Comics, de Crumb, fue la primera publicación donde apareció un guión de Pekar, "Crazy Ed", dibujado por Robert Amstrong. Crumb le propuso dibujar todos los guiones que Harvey escribiese y fue así como empezaron a ver la luz las primeras historietas de American Splendor, en 1976, una ácida y sarcástica mirada a la vida cotidiana americana analizada desde el pesimista punto de vista de Pekar. American Splendor fue uno de los hitos del underground americano, y de la transformación del modo de ver los cómics durante esa década, en un tiempo (años 1976-1977) en el que aparecieron lanzamientos como Breakdowns de Spiegelman, Comanche Moon de Jack Jackson, The Cartoon History of the Universe de Larry Gonick o Life on Another Planet, de Eisner, ofrecida por entregas en The Spirit y convertida en graphic novel en 1983.
Fueron varios los autores que pasaron por American Splendor: Robert Crumb, Gary Dumm, Greg Budgett, Spain Rodriguez, Joe Zabel, Gerry Shamray, Frank Stack, Mark Zingarelli y Joe Sacco, entre los años 1976 y 2008. Pekar desarrolló su American Splendor en diferentes versiones: More American Splendor, American Splendor presents, Best of American Splendor, The New American Splendor Anthology (por la que ganó en 1987 el American Book Award) y otras. En estas nuevas etapas colaboró con artistas como: Dean Haspiel, Josh Neufeld, Jim Woodring, Chester Brown, Alison Bechdel, Gilbert Hernandez, Eddie Campbell, David Collier, Drew Friedman, Ho Che Anderson, Rick Geary, Ed Piskor, Hunt Emerson, Bob Fingerman y Alex Wald.
Con ayuda de su tercera mujer, Joyce Brabner, escribió Our Cancer Year (Four Walls Eight Windows, 1994), una historia autobiográfica en la que Harvey narraba cómo se planteó la vida tras diagnosticarle un linfoma. La obra fue dibujada por Frank Stack. La obra recibió el premio Harvey a la mejor original graphic novel en 1995.
En 2005, Pekar escribió el guión para The Quitter, una nueva historia autobiográfica, bajo en el subsello editorial VERTIGO. En España se tradujo como El derrotista. En 2006 llegó su primera obra no autobigráfica, Ego & Hubris: The Michael Malice Story, la vida de Michale Malice, editor y fundador de OverheardinNewYork.com. Aparte de sus labores como guionista, Pekar tuvo el honor de ser el primer editor invitado en la colección The Best American Comics 2006 de H. Mifflin. Junto a Heather Roberson y Ed Piskor editó Macedonia (2007) y, en 2008, salió a la venta Students for a Democratic Society: A Graphic History, además de una nueva versión en formato comic book de American Splendor editada por Vertigo, de DC Comics. En 2009 colaboró con varios autores en la antología The Beats y realizó la obra Studs Terkel's Working: A Graphic Adaptation.
Pekar fue siempre un autor posicionado políticamente. En los finales ochenta fue uno de los creadores más crítico con el poder establecido, lucha en la que le acompañó su tercera mujer Joyce Brabner, con la cual se implicó en el proyecto Real War Stories, un modelo de contrapropaganda en historieta en el cual lograron implicar a otros autores como Alan Moore, Stephen Bisette, John Totleben o Mark Badger, entre otros. Invitado ocho veces al show de David Letterman en la NBC durante los ochenta, Pekar fue considerado non grato hasta 1990 por su crítica contra General Electric (propietaria de la NBC) y por sus carismáticas confrontaciones con Letterman, que nunca encajaron con el planteamiento del programa.
En 2003 se estrenó una adaptación de su vida tomando como referencia American Splendor y Our Cancer Year. El actor Paul Giamatti encarnaba a Pekar, que aparecía en la misma cinta como su propio subconsciente y/o narrador.
Prolífico crítico literario y musical, estrenó una jazz opera titulada Leave Me Alone! Fue en el Oberlin College en 2009. El mismo año participó en un documental sobre la vida de Jeff Smith, The Cartoonist, creador de la popular serie Bone. En los últimos tiempos estaba inmerso en un cómic digital para la revista Smith Magazine titulado "The Pekar Project".
Murió en su casa de Cleveland, Ohio, ciudad donde pasó toda su vida.