François Bourgeon comenzó a trabajar como artesano del vidrio antes que como ilustrador. Sus primeros trabajos fueron en libros revistas y libros infantiles pero también le atraía la historieta, así que dibujó algunas para el semanario Djin y Pif gadget.
Su primera serie la dibujó sobre guiones de Robert Génin, Brunelle et Colin, también para Djin, la cual fue continuada por Didier Convard. Inicio la serie que le daría fama, Los Pasajeros del viento, en 1979, en la revista Circus, una serie de aventuras ambientada en el siglo XVIII con sólida documentación y un estilo fuertemente realista, que le otorgaría al autor variados reconocimientos.
En 1984 inició otra serie también de gran éxit, Los Compañeros del Crepúsculo, y en 1993 creó para la revista "A suivre", la El ciclo de Cyann, un relato de ciencia ficción en este caso, en colaboración con Claude Lacroix.