Tras trasladarse a Manila, la capital, el menor de la familia Nebres comenzó a mostrar interés por el dibujo, puesto que su hermano mayor, Art Nebres, era ilustrador de profesión. El joven Rudy admiraba entonces a autores como Frank Frazetta, José Luis Salinas, Alex Raymond y Harold Foster, y quiso emular sus bondades. Mas, los primeros conatos de publicar historietas en los tebeos de filipinas fueron rechazados, problema que solventó Rudy tomando clases de artes gráficas y fraguando su estilo en el periódico de su colegio The Chronicler, donde creó a su personaje llamado Timbo.
Tras graduarse y realizar un curso de arte por correspondencia, conseguiría trabajar para la industria de los komiks de su país, aunque no como dibujante, sino como rotulista. Poco a poco, Rudy fue dibujando algunas portadas e historietas de corta extensión, hasta que consiguió el puesto de director artístico en la editorial Bulaklak Komiks. Inasequible al desaliento, en 1958 se inscribió en un programa de arte que impartía la Universidad de Santo Tomás, aunque tuvo que dejarlo debido a su menesterosa situación económica.
Convertido en autor por libre, se dedicó a dibujar ilustraciones para todo aquel particular o empresa que se lo solicitase (ilustraciones para libros de cuentos, libros para colorear, novelas ilustradas, portadas de libros...), y, gracias a su tesón, conseguiría popularidad, un puesto de mayor responsabilidad en la emprea ACE de Filipinas (también productora de filmes animados) y el suficiente dinero para contraer matrimonio en 1962. Durante los años sesenta, Nebres siguió disfrutando de renombre entre los ilustradores y fue publicando cada vez más historietas, asociado en este caso con el estudio de Néstor Redondo.
Junto con Néstor, precisamente, fue contratado en 1971 por la editorial estadounidense DC Comics, que había enviado a Tony de Zúñiga en nombre de Carmine Infantino y Joe Orlando para emplear mano de obra barata con vistas a suplir posibles retrasos con sus dibujantes habituales en las series de terror y fantasía en curso. Igualmente le quiso captar John Romita, que voló desde Nueva York a Manila para buscar talentos filipinos para Marvel. Rudy se dejó convencer y trabajó para los americanos, y DC Comics publicó su primera historieta en los EE UU, en House of Secrets núm. 112, de 1974. Pero el autor no emigraría a los Estados Unidos hasta 1975, año en que su esposa consiguió la nacionalidad estadounidense como ingeniero químico. Marvel Comics se interesó por el recargado trazo de Nebres ese mismo año, encargándole el dibujo de los héroes sabios en artes marciales Puño de Hierro y Los Hijos del Tigre, ambos habituales en el magazín Deadly Hands of Kung Fu.
Tras ese comienzo trató de superarse emulando los estilos de Neal Adams y Frank Thorne y a partir de entonces entintaría gran parte de los personajes principales de Marvel. Entre ellos algunos de fantasía heroica, como Warriors of the Shadow Realm, y otros de superhéroes, como: Dr. Strange, The Incredible Hule, The Amazing Spider-Man, Tarzan, Avengers o Epic Illustrated. Para DC, durante los años setenta, también dibujó fantasía heroica: John Carter. Warlord of Mars y Arion, Lord of Atlantis, más alguna historia de Batman.
Una vez demostrada su capacidad para dibujar, pasaría a formar parte del elenco de colaboradores habituales de la línea de revistas de Marvel, entintado pulcra y recargadamente muchas páginas de The Savage Sword of Conan, elaborando ilustraciones y unos cuantos portafolios espectaculares, así hasta los años ochenta. Su nombre apareció en los créditos de otras series de bárbaros, como Conan the Barbarian, puntualmente, Kull the Conqueror, en varios números del final del Volumen I, King Conan o Red Sonja.
El untuoso estilo de Nebres, plagado de negros y de composiciones crispadas, también se adecuó estupendamente a las publicaciones de cómics de horror. A partir de finales de los setenta, la presencia española en las revistas de Warren Pub. Co. dejo de ser tan habitual, siendo sustituidos en gran parte por autores filipinos, llevados allí por Infantino a partir de noviembre de 1977. En el núm. 96 de Creepy apareció “Predation”, una historieta de Bruce Jones dibujada por Nebres, y desde ese momento quedó ligado a las revistas en blanco y negro de horror de Warren al igual que sus compatriotas Alex Niño, Alfredo Alcalá, Abel Laxamana... Nebres dibujó ocho historietas para Creepy, nueve para Eerie, tres de la saga Philo Photon and the Troll Patrol para The Goblin, diecinueve historietas para 1984 (entre ellas, algunas de la subserie protagonizada por Sally Starslamer), siete del personaje que daba título a la revista The Rook, nueve para la revista Vampirella, y fue autor de ilustraciones para el interior o para las cubiertas de Warren Presents Rex Havoc y del resto de las revistas citadas anteriormente.
En 1985 dio un giro a su carrera pues dedicó sus esfuerzos a la rama de la animación en los Marvel Entertainment Studios sitos en California, lugar al que se mudó con su familia, dejando un poco de lado los cómics. De entonces se recuerda su trabajo en la serie de animación Defenders of the Earth. En la década de los años ochenta, Rudy volvió a la historieta porque se le vio menudeando por otras editoriales, como Pacific Comics, para la que trabajó en Bold Adventures, Silver Star y Time Force, como Red Circle / Archie Comics, para la que laboró en Comet y en Shield, como Fantaco, destinando una corta historieta para Alien Encounters, para Topps hizo algo en Mars Attacks, y también dibujó en Star Fighters de Landgraphics. En los noventa se le vio sobre todo por los sellos Valiant, Windjammer y Continuity. En el primer caso trabajó para H.A.R.D. Corps, Legend of Zelda, Solar y Timewalker. El título de Windjammer en el que colaboró fue Valeria the She-Bat y en el sello Continuity de Neal Adams aportó dibujos para Armor, Megalith, Hybrids, Ms. Mystic, Samuree y Toy Boy. Durante el final de los años noventa también se dedicó a la hacer storyboards y animaciones para publicidad.
Como sus trabajos publicitarios le habían traído de vuelta a Nueva York, de nuevo probó suerte con Marvel durante esa década. Volvió a Marvel para hacer algunos cómics de superhéroes, como Marvel Tales o la etapa de The Punisher justo anterior al núm. 100 de su serie. También trabajó en títulos de fantasía heroica puesto que Nebres fue el autor de la última cubierta de la revista The Savage Sword of Conan y de una saga extraordinaria de Conan y Bêlit en la revista Conan the Savage. Luego, antes de retirarse, se vería su firma en algunos títulos dispersos de Crossgen entre los años 2002 y 2003 (CrossGen Chronicles, Negation: Lawbringer, Sigil, Sojourn) y en el lanzamiento de 2009 Maura, del sello Berserker Comics.
En el año 2000, SQ Productions publicó el libro The Art of Rudy Nebres, en el que se daba una muestra de su excepcional trabajo.
El filipino recibió el premio Inkpot en el festival de San Diego en 2012, y recientemente, en 2017, recibió otro reconocimiento, el Inkwell de la Joe Sinnott Hall of Fame por toda su carrera como entintador.