Autor nacido normando que cursó estudios en la École nationale supérieure des arts décoratifs. Destacó como dibujante y se sintió inclinado por la historieta, recibiendo su bautismo como autor profesional en la revista belga Aïe en 1980.
También pasó por los fanzines de aquel bullente periodo, como Ouch! o PLGPPUR. En 1983, en ese contexto de creatividad efervescente, conoció a Charles Berberian e inició con él una amistad y una estrecha colaboración que ha durado hasta hoy, firmando juntos más de veinticinco libros de historieta, contándose entre ellos los de la popular serie Monsieur Jean.
Entre sus obras más destacadas hallamos: Petit peintre, en 1985; Le Journal d'Henriette (1988-2000); Le Chat bleu, de 1990; Les Héros ne meurent jamais, de 1991; Monsieur Jean (1991-2011); Tout n'est pas rose, de 1993; Les Montparnos, de 1995; Carnets (1996-2007); Henriette (1998-2008); Joséphine de 1999; Le Petit garçon qui n'existait pas, de 2000; Crème Solaire, de 2002; Hanté , de 2005; Françoise, de 2006; Comment c'était avant, de 2007; Le Jour où... de 2007; Monsieur Mouche, de 2007; Bienvenue à BoBoLand (2008-2009); L'Art du chevalement, de 2013; Les Réveurs du Louvre, de 2016, y bastantes otras.
Ha sido galardonado con premios en su país y en el extranjero. En 2008 ganó junto a Berberian el Grand Prix de la ville d'Angoulême y en 2003 se llevaron ambos un Inkpot.
Philippe Dupuy ha hecho sus pinitos como actor también, concretamente participó en el cortometraje Monde extérieur (2004) de David Rault. También ha sido diseñador de escenografías.