Haghenbeck estudió Arquitectura en la Universidad La Salle, pero condujo su destino profesional como durador de museos durante un tiempo, como novelista y como editor y guionista de cómic.
Como novelista destacó por obras como Solamente una vez, muestra la pasión y melancolía de Agustín Lara (2007), El código nazi (2008), Aliento a muerte y El libro secreto de Frida Kahlo (ambas de 2009), El diablo me obligó (2011), Por un puñado de balas (2016) y Simpatía por el diablo (2019), que es una continuación de El diablo me obligó, entre otras. Precisamente en esa obra de 2011 se basó una serie televisiva difundida por la plataforma Netflix, titulada Diablero, que cosechó el aplauso del público en 2018.
En el mundo del cómic fue primeramente conocido como editor del sello dedicado a la historieta mexicana Costal de Huesos. Luego, entre 1999 y 2001 escribió junto con Brian Augustyn y Oscar Pinto el guión de Crimson, una serie de cómics de fantasía y horror, primero publicada por Image Comics y que luego formaría parte de la línea Wildstorm de DC Comics. También desarrolló en 2002 una versión de Superman y, en 2020, un corolario en historieta a su popular obra El diablo me obligó, titulada Mundo Diablo (editada por el sello Virus).
En 2006 recibió el premio Otra Vuelta de Tuerca de novela policiaca, y en 2013 fue reconocido con el premio francés Gourmand y con el Nocte a la mejor novela extranjera en España.