Emmanuel Guibert debutó en la historieta con Brune, una dura revisión del ascenso del nazismo en Alemania, que se publicó en Francia en 1992. Su estilo evolucionaría rápidamente a partir de su participación en L’Atelier des Vosges, junto a autores como Frédéric Boilet, Emile Bravo, Christophe Blain o Joann Sfar, sorprendiendo a la crítica y público francés con La Guerra de Alan.
En 2003 comenzó la publicación de su obra más premiada, El Fotógrafo, realizada en colaboración con el fotógrafo Didier Lefèvre, que narra el trabajo de un grupo de Médicos sin Fronteras en Afganistán.
Ha colaborado con otros autores, como Joann Sfar (La Hija del Profesor) o David B. (El Capitán Escarlata).