Después de la Segunda Guerra Mundial, ingresó en la industria de los cómics a través de Jerry Iger Studio donde, al principio, gran parte del trabajo de Baker fueron fondos dibujados a lápiz, así como figuras femeninas para otros artistas, siendo acreditados por los entintadores. Rápidamente desarrolló una reputación como uno de los mejores artistas de "Good Girl" por su atención al detalle al dibujar mujeres. Baker transformó a las mujeres en bellezas realistas y con clase, llenas de carácter, en sus propias historias en contraposición a como eran tratadas las mujeres en otros cómics de la época.
Su personaje más popular fue Phantom Lady, creado por Arthur Peddy en 1941, pero rediseñado por Baker en su encarnación más conocida. Esta versión (generalmente acreditada a la escritora Ruth Roche) se hizo famosa cuando el psiquiatra Frederick Wertham, al afirmar que los cómics tenían efectos nocivos en el desarrollo psicológico de los niños, usó Phantom Lady #17 de Baker como un ejemplo clave.
Durante este período, Baker trabajó para editoriales como Fiction House, Fox Comics, Quality Comics y St. John Publications. Para este último sello dibujó la "novela en imágenes" It Rhymes with Lust (1950), con los escritores Arnold Drake y Leslie Waller (ésta bajo el seudónimo de Drake Waller). En años posteriores, se asoció de forma independiente con el entintador Jon D'Agostino bajo el seudónimo Matt Bakerino en Charlton Comics.
Trabajó en todos los géneros para numerosas editoriales, hasta su muerte prematura por un infarto el 11 de agosto de 1959. Matt Baker fue incluido en el Salón de la Fama del cómic Will Eisner en 2009.