Hijo del pintor Jacques Pajak, Frédéric es dibujante, escritor y editor. Ha sido redactor jefe de varios periódicos y suplementos culturales y satíricos. En 1987 publica su primera novela, Le bon larron. Con la publicación de La inmensa soledad, inventa un nuevo y original género: el texto y el dibujo están íntimamente unidos, pero no se trata de un cómic, de una novela gráfica o de un libro ilustrado, sino de una suerte de «ensayo gráfico» en el que imagen y texto se reflejan como en un espejo. Esta obra, que obtiene un gran éxito, lo da a conocer y es galardonada con el Premio Michel Dentan, el mayor reconocimiento literario suizo.
A partir de La inmensa soledad, Pajak profundiza en este planteamiento discursivo y estético en otras obras, como Le chagrin d’amour, sobre Guillaume Apollinaire; Humour: une biographie de James Joyce; J’entends des voix; y L’étrange beauté du monde, escrito y dibujado en colaboración con su mujer, Léa Lund. Desde 2012 trabaja en un nuevo proyecto, Manifiesto incierto, del cual se han publicado ya seis tomos en Francia, y que le ha hecho merecedor del Premio Médicis de ensayo en 2014. En 2016 Errata naturae publicó el primer volumen, Manifiesto incierto. Con Walter Benjamin, soñador abismado en el paisaje., seguido del segundo Nadja, André Breton y Walter Benjamin bajo el cielo de París en 2017.