Nacido en el seno de una familia de funcionarios públicos, descendiente de un linaje de samuráis venido a menos, sus padres lo entregaron en adopción a la edad de dos años.
En 1884 se matriculó en la Universidad de Tokio para cursar Arquitectura, pero acabó estudiando Lengua Inglesa. Tras graduarse, comenzó a impartir clases como maestro en una escuela rural de la isla de Shikoku. Inspirándose en aquella época y en sus relaciones con los alumnos, escribiría en 1906 Botchan.
Recibió una beca de la Universidad de Tokio para estudiar en Londres, ciudad en la que estuvo viviendo dos años. A su regreso, comenzó a trabajar como catedrático de filología inglesa en sustitución de Lafcadio Hearn, pero se terminó alejando de la docencia para dedicarse por completo a la escritura. Soy un gato, una de sus primeras novelas, fue publicada en 1905, apenas dos años después de su vuelta.
A los 40 años comenzó a escribir artículos y críticas literarias en el diario Asahi, uno de los tres periódicos más importantes del país. Su tra bajo como periodista le permitió dedicarse a su gran pasión: la escritura. Así, en 1914, escribió Kokoro, la obra cumbre de las letras japonesas.
Tan solo dos años después, fallece en Tokio a la edad de 49 años a causa de una úlcera de estómago. A pesar de que su carrera como escritor se desarrolló en unos escasos 10 años, hoy día es reconocido como el gran maestro de la literatura japonesa y su fama es tal que su imagen se ha utilizado en los billetes de mil yenes.