De formación autodidacta, Matt comenzó a trabajar en su propio cómic autobiográfico Peepshow en 1987, inspirado por autores como Robert Crumb y Harvey Pekar, y logró publicardo en comic book en 1992, bajo el sello Kitchen Sink Press, bajo el título Peepshow: The Cartoon Diary of Joe Matt. El cómic mostraba una sinceridad descarnada, dado que el autor exponía su nula capacidad para relacionarse socialmente, su adicción a la pornografía (a la que se sumaba una enorme culpabilidad, consecuencia de su educación católica) y su mala relación con su pareja. Todo ello con una fórmula narrativa sencilla pero muy sólida y muy eficaz, rompiendo la cuarta pared muy a menudo. Logró éxito y comenzó a distribuir sus obras el sello Drawn & Quarterly, que recopiló su serie bajo los títulos: The Poor Bastard, Fair Weather o Spent.
Matt se ha desempeñado también como colorista en otros cómics para llegar a fin de mes, sobre todo en cómics de superhéroes (Batman/Grendel, Fish Police, Jonny Quest...).
El autor fue candidado a cuatro premios Harvey a lo largo de su trayectoria profesional: en 1989 (como colorista, curiosamente) y, por Peepshow, en 1990, 1991, 1992 y 1993. Nunca ganó.