Jason Lutes nació en Nueva Jersey y se formó como dibujante. Su objetivo era trabajar en el campo de los superhéroes, un género que le fascinaba, pero un viaje por Francia le abrió los ojos a los cómics de "línea clara" y a partir de aquel momento cambió su estilo de dibujo y sus objetivos narrativos también.
Desde los noventa comenzó a despuntar, sobre todo en las páginas de la publicación The Stranger, de la cual fue director. En 1993 inició en esa cabecera la que seria su primera obra importante, Jar of Fools (Juego de manos en España). Tras esa obra, se embarcó en una mucho más ambiciosa, titulada Berlín, que arrancó en 1996 y que concluyó en 2018, tras completar tres gruesos libros en los que se cuenta los años de la República de Weimar y del ascenso del nazismo.
Otras obras suyas han sido: historias cortas para Dark Horse Presents, Drawn and Quarterly: A Picture Story Book, The Books of Magic, Winter's Edge, Rosetta; su participación en The Fall, con Ed Brubaker, en 2001; la obra autobiográfica Rules to Live By, (en AutobioGraphix, editada por Dark Horse Comics); el libro de 2007 Houdini: The Handcuff King, escrita por Lutes pero dibujada por Nick Bertozzi para el sello Hyperion, más algunas ilustraciones para libros y aportes para proyectos de animación de NickelOdeon.
En 2008 se convirtió en miembro de la facultad del Center for Cartoon Studies, como profesor adjunto.