Músico y artista que se acercaba, con su estilo asimilado al naíf, a las estéticas de la historieta. Compuso y grabó abundantes temas musicales en la intimidad, bastantes de los cuales nunca lanzó públicamente, y llegó a publicar hasta una veintena de discos en el circuito independiente. El más conocido fue el titulado Hi, How Are You, que le dio popularidad porque su portada (dibujada por él) fue estampada en una camiseta que vistió el líder de Nirvana en una gala de entrega de premios.
Su obra quedó caracterizada por sus afecciones siquiátricas (esquizofrenia y trastorno bipolar), que quedaron expuestas en el documental de 2005 The Devil and Daniel Johnston. Como dibujante, su estilo era muy personal y solo se le podría asimilar con la llamada Generación X. Era un artista atormentado e inadaptado que utilizaba personajes de la cultura popular infantil y juvenil (Hulk, Casper, Captain America) para sus composiciones, caracterizadas por un matiz tenebroso.