Cooney se graduó como ilustrador en la School of Visual Arts de Fitchburg e hizo un máster en Educación en la Fitchburg State University. Luego se convirtió en profesor de Social Studies pero alternó este trabajo con el dibujo de cómic y la escritura de libros pedagógicos sobre narración, perspectiva y dibujo.
Ha sido autor de obras como The Tommy Gun Dolls, Valentina y The Atomic Yeti, entre otros. Es más conocido como autor teórico, de libros como Writing and Illustrating the Graphic Novel o The Complete Guide to Figure Drawing for Comics.